Devido à precariedade da situação do ensino e da qualificação dos profissionais de saúde numa das Províncias mais importantes do país no séc XIX, foi aprovada pela Assembleia Provincial de Minas Gerais uma lei criando em 4 de abril de 1839: “duas Escolas de Farmácia, uma das quais terá o seu assento na cidade de Ouro Preto e a outra na de São João Del Rei” e especificando que “... nestas Escolas ensinar-se-á a Farmácia e a Matéria Médica, especialmente a Brasileira...”. A Escola de São João Del Rei não chegou a ser implantada, mas a de Ouro Preto se transformou em atividade pioneira na América Latina no ensino de Farmácia desvinculado das Faculdades de Medicina.

Esta iniciativa, que deveria ser um esforço governamental para organizar a precária qualidade de vida dos mineiros, sofreu sérias restrições. Algumas explícitas, como a do próprio Presidente da Província que, em Relatório de 1843, afirmava acreditar que deviam ser excluídas “... da instrução que pode dar-se em uma Província as aulas de Comércio, Farmácia, Anatomia e Cirurgia, e de Taquigrafia, por que enfim para esta instrução em geral precisa-se da concorrência de muitas outras aulas, de muitos outros meios, e, sobretudo por que não há gente para tanto e nem é possível por uma Universidade à porta de cada pai de família, e forçoso é que quem se pretende se instruir saia de sua casa para muito longe, e então pode ir até a Capital do Império.....”. Outros interesses foram feridos, já que a lei de 1839 determinava que ninguém poderia exercer a Farmácia dentro da Província sem apresentar diploma da Academia Médico Cirúrgica do Império ou do novo curso. Prova disto é que o orçamento daquele ano não mais consignou os recursos necessários para o funcionamento da Escola e pagamento de seus professores.

Esta precariedade fez com que o curso de Farmácia enfrentasse sérios riscos de desaparecimento se não contasse com o desprendimento de seus dois professores concursados. Calixto José Arieira e Manoel José Cabral, também proprietários de farmácias da cidade, se dispuseram durante longos anos a trabalhar sem vencimentos e a oferecer seus estabelecimentos para a realização de aulas práticas e estágios.

Com o advento da República, a Escola de Farmácia recebeu finalmente recursos necessários para consolidar e ampliar suas atividades acadêmicas: no final do século diplomava em média 100 alunos por ano. O seu poder de influência ultrapassou as fronteiras do Estado, já que Ouro Preto era um dos principais centros de ensino do país, atraindo estudantes de todo o território nacional. A disseminação desses alunos por lugares onde se constituíam na única opção de atendimento à saúde e onde seus estabelecimentos funcionavam como centros de prestação de serviços comunitários, tornou a presença da Escola um importante fator de influência na modernização política e social do Brasil.

Em 1891, com a vinda para Ouro Preto do eminente botânico alemão Wilhelm Schwacke, a Escola de Farmácia de Ouro Preto dá início a pesquisas na área de Botânica Sistemática. Schwacke, nomeado Diretor, inicia a tradição de excursões periódicas de seus alunos a diversas regiões de Minas Gerais para levantamento da flora, o que resultou na criação de um Herbário em 1892. Com a colaboração de botânicos como Leônidas Botelho Damásio, Jacinto Bruno de Godoy, Francisco de Paula Magalhães Gomes, José Badini e Moacir do Amaral Lisboa, este Herbário foi ampliado e, reunido ao da Escola de Minas de Ouro Preto, constitui hoje o Herbário José Badini da UFOP, com cerca de 32.000 exsicatas.

A Escola de Farmácia foi referência para a criação de outros cursos da área de saúde. Por influência de vários de seus ex-alunos, teve participação decisiva na implantação do primeiro curso de medicina de Minas Gerais em 1911: Aurélio Egídio dos Santos Pires, Alfredo Balena, Cornélio Vaz de Mello e Antônio Ribeiro da Silva Braga estiveram na linha de frente das lutas que resultaram na criação da Faculdade de Medicina de Belo Horizonte (hoje na UFMG). Na Escola de Farmácia foi também criado o primeiro curso de Odontologia de Minas Gerais e, posteriormente o curso de Nutrição que originou a Escola de Nutrição da UFOP bem como o recém criado curso de Medicina da UFOP.

A EF funcionou de forma autônoma até 1968 quando foi incorporada à Universidade Federal de Ouro Preto.