Após a sua criação em 1839 a Escola de Farmácia de Ouro Preto atravessou períodos difíceis com exiguidade de recursos e ocupação de diversos prédios de forma provisória. Somente a partir de 1883 com o seu desligamento da Repartição de Instrução Pública e sua vinculação direta ao Governo da Província/Estado, a Escola passa a ter maior tranqüilidade financeira, recebendo dotações para a consolidação de instalações adequadas para o oferecimento de ensino prático.
São adquiridas no final do século, no exterior, coleções de equipamentos que permitem a instalação de gabinetes de Física Experimental, Fisiologia Experimental, Botânica e Zoologia e Matéria Médica, de laboratórios de Química Inorgânica, Química Orgânica e Biológica, Química Analítica e Toxicologia, além de anfiteatro de Anatomia e de oficina de Farmácia. Parte expressiva deste material, com o desuso provocado pelo avanço tecnológico, foi preservado em grandes armários de pinho de riga. Assim, tornaram-se meros objetos de contemplação das sucessivas gerações de alunos, de ex-alunos saudosos dos velhos tempos e de turistas ou eventuais estudiosos que visitam o prédio da Escola.
Na década de 1960, a partir da iniciativa de professores interessados em História da Farmácia, foi adquirido de antiquário o mobiliário pertencente à antiga "Pharmacia Magalhães", que funcionou em Ouro Preto do final do século passado ao início deste. Em uma sala da Escola e em torno deste material foi reunida parte do material antigo já existente, abrindo-se o espaço periodicamente à visitação com o nome de "Museu da Escola de Farmácia". O material existente presta-se a uma abordagem museológica na medida em que permite uma excelente visualização dos meios utilizados na formação do farmacêutico e do seu ambiente de trabalho na virada do século em Minas Gerais, contribuindo para a divulgação e o estudo da evolução destas atividades no Brasil.
No momento o Museu abriga uma exposição sobre "Ensino e Prática Profissional de Farmácia em Ouro Preto no final do séc. XIX e início do séc. XX". A mostra utiliza parte do acervo para permitir ao visitante uma visão do relacionamento do farmacêutico com o medicamento através da caracterização da especificidade de sua formação acadêmica na Escola de Farmácia de Ouro Preto no final do século e da visualização do ambiente característico de seu local de trabalho numa típica "Pharmacia" também deste período. O visitante toma contato com equipamentos relacionados com a Biologia, a Física e a Química (disciplinas básicas da formação farmacêutica e que são articuladas para o conhecimento global dos medicamentos) e, a seguir, terão acesso a uma típica "Pharmacia" ouropretana.
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